流動相
使用水溶液作為流動相時，水溶液中的細 菌等微生物容易滋生。當使用有機酸緩沖液的水溶液保護色譜柱時，一些霉菌可能會在色譜柱中滋生并堵塞固定相顆粒之間的間隙。
由于濕填料技術的出現(xiàn)，常用的的直徑HPLC色譜柱填料一般小于10um，流動相中的顆粒雜質(zhì)容易先沉積在柱頭上，然后慢慢堵塞柱子。
流動相的pH值對色譜柱也有影響，特別是對化學鍵合硅膠填料。 水溶液的zui佳pH值范圍在2到7.5之間。當pH大于8時，硅膠會釋放并生成絮凝物堵塞HPLC柱，且難以恢復，柱效迅速降低，甚至完全失效。
當緩沖液中加入甲醇或乙腈等有機溶劑時，鹽的溶解度會降低，鹽會沉淀并堵塞柱子。同時，流動相中的有機溶劑和鹽分會腐蝕色譜柱頭的篩板，造成柱頭下沉。
流動相的極性對色譜柱也有一定的影響。對于硅膠柱，甲醇、水、冰醋酸等極性較大的物質(zhì)會破壞填料。反之，對于化學鍵合硅膠，正丁醇、二氯甲烷等極性較小的物質(zhì)也起到同樣的作用。堿性溶液會損壞陽離子交換樹脂色譜柱，而酸性溶液容易損壞陰離子交換樹脂色譜柱。
樣品和固定相
如果少量或痕量樣品不能溶解在流動相中，它會在通過固定相時堵塞色譜柱。樣品中的顆粒雜質(zhì)也會堵塞色譜柱。糖類、蛋白質(zhì)等樣品成分在通過色譜柱時會被不可逆吸附，從而覆蓋固定相的活性位點。樣品組分也會與固定相發(fā)生反應，尤其是氨基柱，因為氨基容易與酸酐和酮形成席夫縮合，減少了活性位點，縮短了保留時間。
色譜柱鍵合相基團脫落、固定相分解和活性基團變性會影響柱效和保留時間的顯著變化。大多數(shù)鍵合相通過硅-氧-硅鍵（Si-O-Si）與硅基體相連，形成帶有有機基團的固定相Si-O-Si-R（R為CnH2n+1）。硅-氧-硅鍵在水溶液中可能因水解而斷裂，導致鍵合基團脫落。
